НИКОЛАЙ АГАФОНОВ родился 11 октября 1964 года в городе Губкине Белгородской области. Работал помощником машиниста экватора на Лебединском горно-обогатительном комбинате.
На действительную военную службу был призван 12 ноября 1983 года Губкинским ОГВК Белгородской области.
30 января 1985 года рота, в составе которой находился младший сержант Агафонов, выполняла задачу по блокированию ущелья в месте возможного прорыва противника из окружения. При выходе на заданный рубеж, попав под плотный огонь мятежников и потеряв ранеными несколько человек, рота с трудом развернулась для ведения боя. Николай Агафонов, рискуя жизнью и умело используя складки местности, вынес из-под прямого огня трех товарищей. Во время очередной попытки приблизиться к раненому он был тяжело ранен и умер на поле боя, до конца выполнив свой долг.
23 апреля 1985 года награжден орденом «Красной Звезды» (посмертно). Похоронен на кладбище в селе Теплый Колодезь Губкинского района.